Οι στόχοι της λειτουργίας του Ζωολογικού Μουσείου είναι συνοπτικά οι εξής:

• Εκπαίδευση: εκπαιδευτικές επισκέψεις μαθητών της στοιχειώδους και μέσης εκπαίδευσης, για γνωριμία με τον πλούτο των ειδών της ελληνικής πανίδας, τους τόπους και τους τρόπους ζωής τους, αλλά και τους κινδύνους που αντιμετωπίζουν
• Αξιοποίηση του υλικού του Μουσείου από τους φοιτητές του Τμήματος Βιολογίας για εμπέδωση και συμπλήρωση των γνώσεών τους
• Έρευνα: χρησιμοποίηση των επιστημονικών συλλογών του Μουσείου ως κύριου ή συμπληρωματικού/συγκριτικού υλικού στη διεξαγωγή έρευνας από Έλληνες και ξένους επιστήμονες επί θεμάτων της ελληνικής πανίδας
• Ενημέρωση και περιβαλλοντική ευαισθητοποίηση: οι επισκέπτες του Μουσείου, μαθητές, φοιτητές, εκπαιδευτικοί κ.ά. έχουν την ευκαιρία όχι μόνο ν’ αποκτήσουν γνώσεις, αλλά και να προβληματιστούν ως προς τη γενικότερη στάση που πρέπει να έχουμε όλοι απέναντι στην ελληνική και την παγκόσμια φυσική κληρονομιά μας